ניירות ערך
א. כללי:
החל משנת המס 1999 חברות חייבות במס בגין ניירות ערך שמימשו, אף אם אין ולא הייתה להן הכנסה מעסק ואם הן לא תבעו הוצאות מימון, כפי שהיה בדין הקודם. מקביעה זו מועטו חברות בבעלות יחידים שלא הייתה להן הכנסה מעסק ושלא תבעו הוצאות מימון.
יש להבהיר כי עלות רכישת ניירות הערך בידי חברה שהוראות החוק חלות עליה, החל משנת המס 1999 לראשונה, תיחשב כמחירות של נייר הערך ביום 31.12.1998. החל מיום 1.1.1999 יש מיסוי של עליית ערכם של ניירות ערך סחירים, לרבות אג"ח, רק במועד מימושם, אולם במועד רכישתם יבוצע "שינוי שלילי" – גריעה מהון הנישום, כך שבפועל יחשבו ניירות הערך ככל "נכס קבוע" שבבעלות הנישום.
ב. מניות שליטה:
החל מיום 1.1.99 בוטל מעמד המיסוי המיוחד של מניות השליטה והושווה למעמדן של יתר המניות. מחירן המקורי של המניות האמורות, לצורך חישוב רווח או הפסד בעת מימושן, נקבע כמחירן בבורסה ב- 31.12.98, כשהוא מתואם ממועד זה עד לתום שנת המכירה. כהוראת מעבר נקבע כי לגבי מניות שליטה אשר הוגדרו כך עד ליום 31.12.98 על פי תנאי החוק ערב תיקונו תחולנה ההוראות הבאות:
במדיה ובמועד מימושן יצמח רווח שהינו ההפרש שבין התמורה ממכירתן לבין ערכן בבורסה, המותאם למדד מיום 31.12.98 ועד לתום שנת המכירה, וערב תיקון החוק נצמח בגינן הפסד ריאלי רעיוני (אילו היו נמכרות באותו מועד), יקוזז הרווח ממכירתן מהפסד ריאלי רעיוני זה, כשהוא מתואם מתום שנת המס 1998 ועד לתום שנת המס שבה נמכרה המניה, ויתרת הרווח הריאלי לאחר קיזוז כאמור תיחשב כרווח ריאלי או תופחת מהפסד ריאלי מניירות ערך לפי העניין.
ג. מיסוי רווחים מני"ע:
במסגרת הרפורמה בפקודת מס הכנסה שיישומה החל מינואר 2003 נכנסו לתוקף שינויים במיסוי ניירות ערך ואפיקי השקעה השונים ממשקיעים פרטיים.
חברה שקופה
במסגרת הרפורמה בפקודת מס הכנסה מינואר 2003 נכנס לתוקף מונח חדש "חברה שקופה":
חברה שקופה היא חברה תושבת ישראל שבעלי מניותיה יחידים תושבי ישראל – הכנסותיה והפסדיה ייחשבו להכנסות והפסדי בעלי מניותיה.